Nella ripresa c'è subito un cambio per gli ospiti: esce Fares per un problema al ginocchio, dentro Verde. Al 52' il Milan rischia ma per fortuna l'ex Fossati tutto solo apre troppo il sinistro e spedisce largo. Ma quattro minuti dopo Cutrone trova finalmente la rete spedendo di testa alle spalle di Silvestri l'ennessimo cross tagliato dalla destra di Suso. Gattuso dopo un'ora di gioco e con la qualificazione al sicuro, richiama in panchina lo spagnolo e Bonaventura per Borini e Antonelli.
I rossoneri gestiscono il vantaggio ma al 73' avrebbero l'occasione anche per il poker, con Kessie che spreca tutto davanti a Silvestri tirando altissimo da ottima posizione. I padroni di casa continuano il possesso palla senza forzare la giocata, il Verona sembra ormai rassegnato all'eliminazione. All'82 c'è ancora tempo per un bel tiro dal limite di Biglia che colpisce la traversa. Finisce senza recupero la sfida di San Siro, con il Milan che vola così ai quarti di finale, dove incontrerà il 27 dicembre l'Inter nel secondo derby stagionale. Il Verona invece avrà la possibilità di rivendicare questa sconfitta già nel lunch match di campionato, quando al Bentegodi arriveranno proprio i rossoneri.