Dopo le buone indicazioni della mattina, le Ducati scivolano indietro nelle seconde libere del Gran Premio di Aragona classe MotoGp. Sotto una pioggia battente, il più veloce è Ben Spies: l'americano della Yamaha ufficiale ha ottenuto il miglior tempo in 2'00"219. A seguire lo spagnolo Dani Pedrosa (Honda), poi il leader del campionato Jorge Lorenzo (Yamaha). Al quarto posto è giunto Nicky Hayden, leader nella prima sessione, mentre Valentino Rossi, dopo il secondo tempo del mattino, ha chiuso ottavo a 2,2 secondi da Spies.
Bene Andrea Dovizioso (Yamaha) che ha chiuso quinto davanti a Cal Crutchlow (Yamaha) e a Rossi. Solo 11esimo il sostituto di Casey Stoner, il pilota della Superbike Jonathan Rea, ultimo dei piloti in sella a un prototipo, davanti alle CRT.