Aveva detto di voler rendere la vita difficile a Marc Marquez, e a giudicare dalle qualifiche ha tutte le intenzioni di farlo. Valentino Rossi conquista la pole position del Gran Premio del Giappone, quartultima prova del Mondiale 2016 di MotoGP, con un fenomenale 1'43"954: il Dottore, alla 64esima pole in carriera, è l'unico a scendere sotto il muro dei 44". Alle sue spalle si piazzano un Marquez in gran forma (+ 0"180), il compagno di squadra Lorenzo (+ 0"267) e un ottimo Andrea Dovizioso (+ 0"340).
E pensare che nelle libere della notte italiana, Valentino aveva messo in evidenza seri problemi di bilanciamento. Le qualifiche sono un'altra storia: Marquez prova a menare le danze sin dall'inizio della Q2, ma nel secondo run commette due errori andando leggermente lungo sia alla 5 che alla 11. Ne approfitta Valentino, che conquista la terza pole stagionale: soft dietro e media davanti, sembra essere questo il giusto assetto anche per la gara.
Lorenzo è terzo, nelle FP3 cade e finisce anche in ospedale per accertamenti ma poi si tiene dietro un buon Dovizioso, stabilmente ai vertici per tutto il week-end. Decimo posto per Danilo Petrucci (+ 1"828), mentre Hector Barbera debutta al posto di Andrea Iannone piazzando la sua Ducati all'ottavo posto a + 1"026. Appuntamento per domenica alle ore 7 con le emozioni della gara, c'è Valentino Rossi che parte in pole a Motegi.