A Sepang il meteo cambia molto repentinamente e infatti sono utili soltanto le prime prove libere del gran premio di Malesia classe MotoGP visto che poi nel pomeriggio la seconda sessione è rovinata dalla pioggia. Il più veloce è dunque Marc Marquez che sull'asciutto ferma il cronometro sul tempo di 2'01"210, precedendo di quasi 3 decimi Maverick Vinales e Scott Redding. Quarto miglior tempo per Andrea Iannone con la Ducati, al rientro dopo l'infortunio di Misano, quinto Valentino Rossi. Soltanto decimo Lorenzo.
Le seconde libere sono state invece frenate dalla pioggia e sul bagnato il più veloce è stato Jack Miller che con la Honda ha fermato il cronometro sul 2'08"272 davanti a Crutchlow e Barberà; 13esimo Valentino Rossi a quasi 5 secondi di distanza. Nella sessione del pomeriggio non sono scesi in pista Andrea Iannone, che non ha voluto rischiare altri guai fisici, e Marc Marquez, frenato dalla gastrointerite.