Nella prima sessione di prove libere del Gran Premio di Malesia, il più veloce in pista è stato Daniel Pedrosa che ha fermato il cronometro in2'01"621. Sul circuito di Sepang, alle spalle del pilota Honda si è piazzato il compagno di squadra e campione del Mondo in carica, Casey Stoner a 152millesimi dallo spagnolo. Terzo tempo per il leader della classifica iridata, Jorge Lorenzo, staccato di 313 millesimi da Pedrosa.
Il primo degli italiani, Andrea Dovizioso, ha chiuso quarto con il tempo di 2'02"236 a 6 decimi da Pedrosa. Male Valentino Rossi su Ducati, soltanto undicesimo e staccato di 1 secondo e 7 decimi dallo spagnolo della Honda. Il 'Dottore' è alle spalle di Nicky Hayden (Ducati), Alvaro Bautista (Honda) e di Hector Barberà (Ducati privata del Team Pramac).