E' di Marc Marquez la pole position nel Gran Premio di Malesia. Su pista umida lo spagnolo non ha avversari e segna subito in apertura di sessione un tempo inarrivabile per tutti, mentre Zarco si prende il secondo tempo davanti a Rossi, in una qualifica interrotta ad inizio Q1 per un violento temporale.
Marquez protagonista assoluto della Q2, in cui segna prima un gran tempo, un 2'12"161 più veloce di oltre mezzo secondo rispetto al miglior tempo dell'avversario più vicino, Zarco appunto, che soffia la seconda piazza a Rossi proprio in extremis. Lo spagnolo incappa anche in una caduta nel tentativo di migliorarsi ed ha pure un battibecco in pista con Iannone, con quest'ultimo che si prende la quarta casella di partenza davanti a Dovizioso ed a Miller. Il pilota della Ducati aveva tutto per andare in prima fila ma all'ultimo tentativo (aveva un ritardo di appena un decimo e mezzo dopo due settori) è incappato in un errore che non gli ha permesso di migliorarsi.
In terza fila vanno Petrucci, Rins e Bautista, mentre in quarta vanno Pedrosa, Vinales ed Aleix Espargaro. Tante difficoltà per il vincitore di Phillip Island, che non riesce a trovare il ritmo su pista bagnata finendo ad addirittura 2"695 dal miglior tempo di Marquez.
Così in Q1 Prima sessione sospesa praticamente subito per un peggioramento delle condizioni meteo che impone lo stop alla sessione per un'ora abbondante. Quando si riparte, Alvaro Bautista ed Aleix Espargaro non hanno problemi a staccare il pass per la Q2, con Alvaro che fa meglio di Aleix per appena 24 millesimi, mentre Redding, primo degli esclusi, si prende quasi mezzo secondo. Quarto tempo per Pirro, che scatterà così 14°, mentre Jordi Torres dà forfait dopo la caduta nelle Fp4 che gli è costata la frattura del pollice della mano sinistra.