Le seconde prove libere del venerdì sul circuito di Sepang sono state condizionate dal maltempo. In Malesia, il turno si è concluso con la maggior parte dei piloti protagonisti del Mondiale fermi ai box. Jorge Lorenzo (Yamaha), Dani Pedrosa e Casey Stoner (Honda) non sono scesi in pista.
Tra i piloti che hanno provato, il più veloce è stato lo spagnolo Ivan Silva (Ftr Kawasaki) in 2'10"602, secondo l'italiano Michele Pirro (Ftr-Honda) stacato di un secondo e 4 decimi, terzo il francese Randy De Puniet su Aprilia. Soltanto settimo Valentino Rossi su Ducati alle spalle di Karel Abraham, di Alvaro Bautista e di Roberto Rolfo, quarto con il tempo 2'13"216.