A Misano è sempre il maltempo a dominare. Anche le seconde prove libere del Gran Premio di San Marino sono state di fatto inutili a causa di pioggia e vento freddo. Con i big come Pedrosa, Lorenzo e Rossi al riparo nei box e di conseguenza con gomme e motori risparmiati, il miglior tempo è stato fatto segnare da ceco Karel Abraham (Ducati) in 1'42"030, davanti a James Ellison (ART) e all'italiano Michele Pirro (FTR-Honda) terzo e staccato di 2.269 secondi dalla vetta. Settimo tempo per Danilo Petrucci (BMW-Suter), mentre Mattia Pasini (ART) è decimo.
Dopo la sessione del mattino, Nicky Hayden non è tornato sul tracciato mentre Ben Spies, con la Yamaha ufficiale, ha continuato a provare, chiudendo ottavo. Il programma di sabato prevede la terza sessione di libere il mattino mentre nel pomeriggio andranno in scena le qualifiche.