Fabio Aru è la nuova maglia gialla del Tour de France; niente da fare per Froome, che è giunto settimo a 22"; ora in classifica generale il britannico della Sky ha uno svantaggio di 6" sull'italiano dell'Astana. Romain Bardet vince la dodicesima tappa della Grande Boucle, la Pau-Peyragudes, battendo in volata nella rampa finale Rigoberto Uran e Aru; per il corridore francese questa è la sua terza vittoria in carriera al Tour.
La dodicesima frazione è stata caratterizzata da una fuga di sei corridori, che sono riusciti ad avere un vantaggio di oltre 5 minuti sul gruppo maglia gialla. La squadra di Froome, però, ha iniziato ad aumentare il ritmo sul Port de Bales, riducendo drasticamente lo svantaggio sui fuggitivi. L'unico che è riuscito a resistere al ritmo della Sky è stato Cummings; il corridore della Dimension Data ha sperato a lungo di vincere la tappa, ma si è dovuto arrendere sulla penultima salita, il Col de Peyresourde, venendo ripreso dal plotone. Il primo tappone Pirenaico del Tour de France è stato vinto da Romain Bardet, che, grazie a uno scatto a 300 metri dal traguardo, è riuscito a recuperare e sorpassare Fabio Aru e Rigoberto Uran, che avevano provato ad anticipare la volata.
Solo settimo a 22 secondi il tre volte vincitore Chris Froome, che non è riuscito a tenere le ruote di Aru e Bardet , staccandosi a 400 metri dall'arrivo. In classifica generale conquista la maglia gialla Aru, che ora ha un vantaggio di 6" sul britannico della Sky e 25" su Bardet. Giornata ancora da dimenticare per Quintana, che ha perso le ruote dei migliori sul Col de Peyresource, giungendo sul traguardo con oltre due minuti di ritardo.